Quarto与LaTeX的记录

作者

Simonzhou

发布于

2025年2月24日 00:00

修改于

2025年3月4日 23:42

在2025-02-23迁移博客到本网站时遇到一些问题，主要是因为在相关与回归部分使用plotly包制作了一个三维图形，在以前的Rmarkdown博客中，因为未知原因导致从2024年中的一次更新开始就无法在生成PDF文件，所以这个问题没有被发现。

简而言之就是使用plotly绘制如图所示的双元正态分布图形后，如果Quarto被指定要生成PDF文件，需要载入更多的R包且更新TeXLive的宏包来提供支持。

## 安装和加载所需的包
# install.packages("plotly")
# install.packages("mvtnorm")
library(plotly)
library(mvtnorm)
library(webshot2)

# 创建网格数据
x <- seq(150, 190, length.out = 100)
#身高150-190，等距的100个值
y <- seq(50, 80, length.out = 100)
#体重50-80，等距的100个值
grid <- expand.grid(X = x, Y = y)
#生成 x 和 y 的所有组合，用于构建一个网格数据框，以便计算多元正态分布的概率密度。

# 设置均值和协方差矩阵
mu <- c(170, 65)
#设置双元正态分布的均值向量，表示均值分别为身高 170 cm 和体重 65 kg

sigma <- matrix(c(100, 20, 20, 25), nrow = 2)
#设置协方差矩阵，表示身高的方差为 100，体重的方差为 25，身高和体重之间的协方差为 20

# 计算概率密度
z <- dmvnorm(as.matrix(grid), mean = mu, sigma = sigma)
#计算每个网格点上双元正态分布的概率密度。

# 将概率密度矩阵转换为适合绘图的形状
z_matrix <- matrix(z, nrow = 100, ncol = 100)

# 绘制三维表面图
plot_ly(x = x, y = y, z = z_matrix, type = "surface") %>%
  layout(title = list(text = "双元正态分布的三维概率密度图", y=0.95),
         scene = list(xaxis = list(title = "身高 (cm)"),
                      yaxis = list(title = "体重 (kg)"),
                      zaxis = list(title = "概率密度")))

双元正态分布示例

上述图像在被转换为PDF文件时，会发生报错：Quarto 文档中包含了一些生成 HTML 输出的函数（比如交互式图表或其他 HTML 小部件），但你当前的目标输出格式是 PDF。由于 PDF 是静态格式，无法直接渲染 HTML 内容，Quarto 会报错并停止执行。

1 解决方案1

此章节不转换为PDF格式。

2 解决方案2

增加支持：如果你仍想输出 PDF，但希望将 HTML 小部件作为静态截图嵌入，可以安装 R 的 webshot 或 webshot2 包。Quarto 会利用它们将 HTML 内容转换为图片。

需要安装：

install.packages("webshot2")

然后在这段程序的前部导入该包：library(webshot2)。

也可以使用

install.packages("webshot")

但是使用 webshot 还需要安装 PhantomJS

webshot::install_phantomjs()

3 解决方案3：启用 prefer-html: true 选项

如果你不在乎 HTML 内容在 PDF 中不可见，可以通过添加 prefer-html: true 来跳过这个错误。这种方法会忽略 HTML 输出，PDF 中不会显示相关内容。

在 .qmd 文件的 YAML 前置元数据中添加：
```
format: pdf: toc: true # 可选{yaml}
```

4 解决方法 4：检查并移除 HTML 输出代码

如果你的目标是纯 PDF 输出，且不需要 HTML 小部件，可以检查文档中的代码块，移除或调整生成 HTML 的部分。例如：

如果使用了 R 的 plotly 或 htmlwidgets，将其替换为静态图形库（如 ggplot2）。
检查是否有 {r, results='asis'} 或其他生成 HTML 的设置，改为适合 PDF 的输出。

示例：

将交互式图表改为静态图表：

# 原代码（生成 HTML）
library(plotly)
plot_ly(data, x = ~x, y = ~y, type = "scatter")

# 修改后（适合 PDF）
library(ggplot2)
ggplot(data, aes(x = x, y = y)) + geom_point()

5 Quarto调用TeXLive报错

在使用方法一进行完善的过程中，terminal输出了一些关于TeX Live的信息：

TeX Live infrastructure update in progress ... 
TeX Live infrastructure update in progress ... 
Detailed command logging to "C:\texlive\2024\temp\update-self.log" 
self update: texlive.infra (70084 -> 73495) 
texlive.infra.windows (69813 -> 71447) 
tlperl.windows (69939 -> 71515) 
Infrastructure update finished successfully. 
You may now close this window.

这是因为Quarto的预览过程中触发了TeX Live的更新，这里的输出显示已完成更新，但是preview .qmd文档仍然不顺利，怀疑没有正确更新，且因为太晚关闭了电脑，导致更新中断。

试着从terminal对TeX Live进行更新，在cmd中使用如下命令

tlmgr update --self --all

你的Windows电脑可能会和我一样报错：

C:\Users\asus>tlmgr update --self --all
Locale 'English_United States.936' is unsupported, and may crash the interpreter.

这是因为：

当你运行 tlmgr update --self --all 来更新 TeX Live 时，出现了 Locale 'English_United States.936' is unsupported, and may crash the interpreter 的警告。这表明 TeX Live 的包管理器（tlmgr）在你的系统区域设置（locale）下遇到了兼容性问题，可能是因为你的 Windows 系统使用了中文（代码页 936，简体中文 GBK）作为默认区域设置，而 tlmgr 默认期望一个支持的区域设置（如 UTF-8 或英语）。

以下是解决这个问题的步骤：

5.1 方案 1：检查系统区域设置

查看当前区域设置：
- 按 Win + R，输入 intl.cpl，回车，打开“区域”设置。
- 在“格式”选项卡中，查看当前格式（可能是“中文（简体，中国）”）。
- 点击“管理”选项卡 -> “更改系统区域设置”，查看“当前系统区域设置”（可能是“中文（简体，中国）”）。
问题原因：
- 代码页 936（中文 GBK）不是 TeX Live 的 tlmgr 完全支持的区域设置，可能导致编码或解释器错误。

5.2 方案 2：临时更改区域设置运行 `tlmgr`

为了让 tlmgr 正常工作，可以临时将区域设置为英语（美国），运行更新后再改回。

操作步骤：

更改系统区域设置：
- 按 Win + R，输入 intl.cpl。
- 点击“管理”选项卡 -> “更改系统区域设置”。
- 在下拉菜单中选择“英语（美国）”（English (United States)）。
- 勾选“Beta: 使用 UTF-8 提供全球语言支持”（推荐），然后点击“确定”。
- 系统会提示重启，点击“立即重启”。
运行更新：
- 重启后，打开命令行（cmd）。
- 输入：
```
tlmgr update --self --all
```
- 观察是否还有错误，等待更新完成。
恢复区域设置（可选）：
- 更新完成后，重复上述步骤，将区域设置改回“中文（简体，中国）”，再次重启。

5.3 方案 3：使用环境变量绕过区域问题

如果你不想更改系统区域设置，可以通过设置环境变量临时调整 tlmgr 的运行环境。

操作步骤：

打开命令行（cmd）。
输入以下命令设置临时环境变量：
```
set LC_ALL=en_US.UTF-8
```
紧接着运行更新：
```
tlmgr update --self --all
```
检查是否成功执行。如果仍然报错，尝试：
```
set LANG=en_US.UTF-8
tlmgr update --self --all
```

说明：

LC_ALL 或 LANG 是控制区域设置的环境变量，设置为 en_US.UTF-8 可以让 tlmgr 在英语环境下运行，避免中文编码问题。
这种方法无需重启，适合临时解决。

5.4 方案 4：验证更新结果

更新完成后，检查 TeX Live 是否正常工作： 1. 运行： tlmgr info --list installed 查看已安装的包列表，确保更新生效。 2. 返回 Quarto 项目，运行： quarto preview 确认是否还有 TeX 相关的问题。

5.5 额外建议

检查 TeX Live 安装：如果问题持续存在，可能是 TeX Live 安装不完整。可以尝试重新安装：
- 下载最新版 TeX Live（tug.org/texlive）。
- 安装时选择“完整安装”以确保所有组件齐全。
使用 PowerShell 或 WSL：如果 cmd 仍然有问题，可以尝试在 PowerShell 或 Windows Subsystem for Linux (WSL) 中运行 tlmgr，这些环境可能更好地处理区域设置。

5.6 推荐方案

快速解决：用 Step 3 设置 LC_ALL=en_US.UTF-8，无需重启，最简单。
彻底解决：用 Step 2 临时改为英语区域设置，更新后再改回。

我采用了方案 1，在cmd中输入命令后，出现如下：

C:\Users\asus>tlmgr update --self --all
tlmgr.pl: package repository https://mirrors.hust.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (not verified: gpg unavailable)
tlmgr.pl: saving backups to C:/texlive/2024/tlpkg/backups
tlmgr.pl: no self-updates for tlmgr available
tlmgr.pl: skipping forcibly removed package: extractbb
tlmgr.pl: skipping forcibly removed package: extractbb.windows
[  1/764, ??:??/??:??] update: ebgaramond [8780k] (66604 -> 71069) ... done
[  2/764, 00:16/42:39] update: ebgaramond-maths [567k] (52168 -> 74174) ... done

表示在更新中，这个过程大概需要45分钟左右。

--- title: "Quarto与LaTeX的记录" author: "Simonzhou" date: "2025-02-24" date-modified: now date-format: "YYYY[年]M[月]D[日] HH:mm" format: html: # 输出格式为 HTML self-contained: true # 生成独立的 HTML 文件 # pdf: # 可选：如果需要 PDF 输出 # default execute: echo: true # 在输出中显示代码 eval: true # 执行代码 warning: false # 隐藏警告信息 message: false # 隐藏消息 --- 在2025-02-23迁移博客到本网站时遇到一些问题，主要是因为在相关与回归部分使用`plotly`包制作了一个三维图形，在以前的Rmarkdown博客中，因为未知原因导致从2024年中的一次更新开始就无法在生成PDF文件，所以这个问题没有被发现。简而言之就是使用`plotly`绘制如图所示的双元正态分布图形后，如果Quarto被指定要生成PDF文件，需要载入更多的R包且更新TeXLive的宏包来提供支持。 ```{r, fig.show='hold', fig.align='center', echo=TRUE} #| label: double-var-distribution #| fig-cap: "双元正态分布示例" ## 安装和加载所需的包 # install.packages("plotly") # install.packages("mvtnorm") library(plotly) library(mvtnorm) library(webshot2) # 创建网格数据 x <- seq(150, 190, length.out = 100) #身高150-190，等距的100个值 y <- seq(50, 80, length.out = 100) #体重50-80，等距的100个值 grid <- expand.grid(X = x, Y = y) #生成 x 和 y 的所有组合，用于构建一个网格数据框，以便计算多元正态分布的概率密度。 # 设置均值和协方差矩阵 mu <- c(170, 65) #设置双元正态分布的均值向量，表示均值分别为身高 170 cm 和体重 65 kg sigma <- matrix(c(100, 20, 20, 25), nrow = 2) #设置协方差矩阵，表示身高的方差为 100，体重的方差为 25，身高和体重之间的协方差为 20 # 计算概率密度 z <- dmvnorm(as.matrix(grid), mean = mu, sigma = sigma) #计算每个网格点上双元正态分布的概率密度。 # 将概率密度矩阵转换为适合绘图的形状 z_matrix <- matrix(z, nrow = 100, ncol = 100) # 绘制三维表面图 plot_ly(x = x, y = y, z = z_matrix, type = "surface") %>% layout(title = list(text = "双元正态分布的三维概率密度图", y=0.95), scene = list(xaxis = list(title = "身高 (cm)"), yaxis = list(title = "体重 (kg)"), zaxis = list(title = "概率密度"))) ``` 上述图像在被转换为PDF文件时，会发生报错：Quarto 文档中包含了一些生成 HTML 输出的函数（比如交互式图表或其他 HTML 小部件），但你当前的目标输出格式是 PDF。由于 PDF 是静态格式，无法直接渲染 HTML 内容，Quarto 会报错并停止执行。 ## 解决方案1 此章节不转换为PDF格式。 ## 解决方案2 增加支持：如果你仍想输出 PDF，但希望将 HTML 小部件作为静态截图嵌入，可以安装 R 的 `webshot` 或 `webshot2` 包。Quarto 会利用它们将 HTML 内容转换为图片。需要安装： ```{r,eval = FALSE} install.packages("webshot2") ``` 然后在这段程序的前部导入该包：`library(webshot2)`。也可以使用 ```{r,eval= FALSE} install.packages("webshot") ``` 但是使用 `webshot` 还需要安装 `PhantomJS` ```{r,eval = FALSE} webshot::install_phantomjs() ``` ## **解决方案3：启用 prefer-html: true 选项** 如果你不在乎 HTML 内容在 PDF 中不可见，可以通过添加 `prefer-html: true` 来跳过这个错误。这种方法会忽略 HTML 输出，PDF 中不会显示相关内容。 - 在 .qmd 文件的 YAML 前置元数据中添加： ```{bash, eval = FALSE} format: pdf: toc: true # 可选{yaml} ``` ## **解决方法 4：检查并移除 HTML 输出代码** 如果你的目标是纯 PDF 输出，且不需要 HTML 小部件，可以检查文档中的代码块，移除或调整生成 HTML 的部分。例如： - 如果使用了 R 的 `plotly` 或 `htmlwidgets`，将其替换为静态图形库（如 `ggplot2`）。 - 检查是否有 `{r, results='asis'}` 或其他生成 HTML 的设置，改为适合 PDF 的输出。 #### **示例：** 将交互式图表改为静态图表： ```{r,eval = FALSE} # 原代码（生成 HTML） library(plotly) plot_ly(data, x = ~x, y = ~y, type = "scatter") # 修改后（适合 PDF） library(ggplot2) ggplot(data, aes(x = x, y = y)) + geom_point() ``` ## Quarto调用TeXLive报错在使用方法一进行完善的过程中，terminal输出了一些关于TeX Live的信息： ```{bash, eval = FALSE} TeX Live infrastructure update in progress ... TeX Live infrastructure update in progress ... Detailed command logging to "C:\texlive\2024\temp\update-self.log" self update: texlive.infra (70084 -> 73495) texlive.infra.windows (69813 -> 71447) tlperl.windows (69939 -> 71515) Infrastructure update finished successfully. You may now close this window. ``` 这是因为Quarto的预览过程中触发了TeX Live的更新，这里的输出显示已完成更新，但是`preview .qmd`文档仍然不顺利，怀疑没有正确更新，且因为太晚关闭了电脑，导致更新中断。试着从terminal对TeX Live进行更新，在cmd中使用如下命令 ```{bash, eval = FALSE} tlmgr update --self --all ``` 你的Windows电脑可能会和我一样报错： ```{bash, eval = FALSE} C:\Users\asus>tlmgr update --self --all Locale 'English_United States.936' is unsupported, and may crash the interpreter. ``` 这是因为：当你运行 `tlmgr update --self --all` 来更新 TeX Live 时，出现了 `Locale 'English_United States.936' is unsupported, and may crash the interpreter` 的警告。这表明 TeX Live 的包管理器（`tlmgr`）在你的系统区域设置（locale）下遇到了兼容性问题，可能是因为你的 Windows 系统使用了中文（代码页 936，简体中文 GBK）作为默认区域设置，而 `tlmgr` 默认期望一个支持的区域设置（如 UTF-8 或英语）。以下是解决这个问题的步骤： ------------------------------------------------------------------------ ### 方案 1：检查系统区域设置 1. **查看当前区域设置**： - 按 `Win + R`，输入 `intl.cpl`，回车，打开“区域”设置。 - 在“格式”选项卡中，查看当前格式（可能是“中文（简体，中国）”）。 - 点击“管理”选项卡 -\> “更改系统区域设置”，查看“当前系统区域设置”（可能是“中文（简体，中国）”）。 2. **问题原因**： - 代码页 936（中文 GBK）不是 TeX Live 的 `tlmgr` 完全支持的区域设置，可能导致编码或解释器错误。 ------------------------------------------------------------------------ ### 方案 2：临时更改区域设置运行 `tlmgr` 为了让 `tlmgr` 正常工作，可以临时将区域设置为英语（美国），运行更新后再改回。 #### 操作步骤： 1. **更改系统区域设置**： - 按 `Win + R`，输入 `intl.cpl`。 - 点击“管理”选项卡 -\> “更改系统区域设置”。 - 在下拉菜单中选择“英语（美国）”（English (United States)）。 - 勾选“Beta: 使用 UTF-8 提供全球语言支持”（推荐），然后点击“确定”。 - 系统会提示重启，点击“立即重启”。 2. **运行更新**： - 重启后，打开命令行（`cmd`）。 - 输入： ```{bash,eval = FALSE} tlmgr update --self --all ``` - 观察是否还有错误，等待更新完成。 3. **恢复区域设置**（可选）： - 更新完成后，重复上述步骤，将区域设置改回“中文（简体，中国）”，再次重启。 ------------------------------------------------------------------------ ### 方案 3：使用环境变量绕过区域问题如果你不想更改系统区域设置，可以通过设置环境变量临时调整 `tlmgr` 的运行环境。 #### 操作步骤： 1. 打开命令行（`cmd`）。 2. 输入以下命令设置临时环境变量： ```{bash,eval = FALSE} set LC_ALL=en_US.UTF-8 ``` 3. 紧接着运行更新： ```{bash,eval = FALSE} tlmgr update --self --all ``` 4. 检查是否成功执行。如果仍然报错，尝试： ```{bash,eval = FALSE} set LANG=en_US.UTF-8 tlmgr update --self --all ``` #### 说明： - `LC_ALL` 或 `LANG` 是控制区域设置的环境变量，设置为 `en_US.UTF-8` 可以让 `tlmgr` 在英语环境下运行，避免中文编码问题。 - 这种方法无需重启，适合临时解决。 ------------------------------------------------------------------------ ### 方案 4：验证更新结果更新完成后，检查 TeX Live 是否正常工作： 1. 运行： `tlmgr info --list installed` 查看已安装的包列表，确保更新生效。 2. 返回 Quarto 项目，运行： `quarto preview` 确认是否还有 TeX 相关的问题。 ------------------------------------------------------------------------ ### 额外建议 - **检查 TeX Live 安装**：如果问题持续存在，可能是 TeX Live 安装不完整。可以尝试重新安装： - 下载最新版 TeX Live（[tug.org/texlive](https://tug.org/texlive/)）。 - 安装时选择“完整安装”以确保所有组件齐全。 - **使用 PowerShell 或 WSL**：如果 `cmd` 仍然有问题，可以尝试在 PowerShell 或 Windows Subsystem for Linux (WSL) 中运行 `tlmgr`，这些环境可能更好地处理区域设置。 ------------------------------------------------------------------------ ### 推荐方案 - **快速解决**：用 **Step 3** 设置 `LC_ALL=en_US.UTF-8`，无需重启，最简单。 - **彻底解决**：用 **Step 2** 临时改为英语区域设置，更新后再改回。我采用了方案 1，在cmd中输入命令后，出现如下： ```{bash, eval = FALSE} C:\Users\asus>tlmgr update --self --all tlmgr.pl: package repository https://mirrors.hust.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (not verified: gpg unavailable) tlmgr.pl: saving backups to C:/texlive/2024/tlpkg/backups tlmgr.pl: no self-updates for tlmgr available tlmgr.pl: skipping forcibly removed package: extractbb tlmgr.pl: skipping forcibly removed package: extractbb.windows [ 1/764, ??:??/??:??] update: ebgaramond [8780k] (66604 -> 71069) ... done [ 2/764, 00:16/42:39] update: ebgaramond-maths [567k] (52168 -> 74174) ... done ``` 表示在更新中，这个过程大概需要45分钟左右。

1 解决方案1

2 解决方案2

3 解决方案3：启用 prefer-html: true 选项

4 解决方法 4：检查并移除 HTML 输出代码

示例：

5 Quarto调用TeXLive报错

5.1 方案 1：检查系统区域设置

5.2 方案 2：临时更改区域设置运行 tlmgr

操作步骤：

5.3 方案 3：使用环境变量绕过区域问题

操作步骤：

说明：

5.4 方案 4：验证更新结果

5.5 额外建议

5.6 推荐方案

5.2 方案 2：临时更改区域设置运行 `tlmgr`